El bosque primario de El Yunque es el remanente más grande del bosque original que cubrió prácticamente toda la isla de Puerto Rico hace 500 años. Casi un tercio de las especies de árboles de El Yunque son endémicas de Puerto Rico y las Islas Vírgenes, y el 10% son endémicas del propio Bosque. Otras especies fueron traídas por otras razones: comercial o estética.